1904年的10月27日，时任纽约市长的乔治·麦克莱兰手握操纵杆，开始了纽约地铁的处女行，用26分的时间跑完了全长9．1英里、途经28个车站的全市第一条地铁线路。
1953年，一项输送系统工作模型被提出，以取代时报广场与中央车站之间的短程穿梭列车，但最终并未实现。
1994年，纽约市捷运局推出新票证系统—MetroCard来取代代币，1997年新增2小时内转乘免费的优惠。
2002年，每工作日会有450万名乘客使用地铁通勤。
代币于2003年走入历史，同年运输署将基本车资调涨至美金2元，此举引发诸多抗议。
2005年，月票价格调涨，基本车资不变。计划中的纽约地铁第二大道线就含一段修改IRT路线的计划。
2005年伦敦地铁发生爆炸事件后，纽约市警察局开始在纽约地铁内随机抽查乘客的行李，此举也引发种族歧视的争议。
2014年，纽约地铁总客流量超过17.5亿人次，工作日平均每天客流量约560万人次，周六平均每天客流量为320万人次，周日平均每天客流量为270万人次。客流量持续上涨，2014年9月23日，超过610万人次使用纽约地铁系统，打破自1985年来的最高单日客流量记录。
